Los investigadores del IIAMA imparten docencia reglada en las titulaciones vinculadas con el ámbito temático del Instituto: Ingeniería de Caminos, Canales y Puertos, Ingeniería Industrial, Ingeniería Técnica de Obras Públicas, Ingeniería de Agrónomos, Ingeniería en Geología y la Licenciatura de Ciencias Ambientales. Por lo que respecta a la docencia de tercer ciclo, los investigadores del Instituto son docentes en un mismo programa de doctorado, el de Ingeniería Hidráulica y Medio Ambiente.
Por otro lado, el IIAMA coordina el Máster oficial en Ingeniería Ambiental. De forma paralela, a lo largo del curso académico se programan una serie de cursos postgrado de diferente duración, y de acorde con necesidades detectadas o demandas de la sociedad, sugerencias o incluso contratación de formación a la carta por parte de empresas e instituciones. Para ello, el IIAMA cuenta con personal cualificado con una larga trayectoria y experiencia en docencia.