El IIAMA ocupa una superficie total de aproximadamente 4350 m², distribuidos en cuatro laboratorios de investigación, despachos, salas y centros de cálculo computacional. Una parte importante de estas instalaciones se encuentran en el Parque Científico de la Universitat Politècnica de València “Ciudad Politécnica de la Innovación”. Los laboratorios del IIAMA están a disposición de aquellas empresas y entidades que quieran contratar algún tipo de trabajo o analítica. Las características y servicios más destacables son los siguientes:

Laboratorio de Tecnologías del Medio Ambiente y Evaluación del Impacto Ambiental
Laboratorio de Ingeniería Fluvial, Hidráulica y Obras Hidráulicas
Laboratorio de Química y Microbiología del Agua
Laboratorio de Calidad de Aguas