El IIAMA está formado por diez Grupos de Investigación, donde cada uno de ellos es responsable de una de las áreas de investigación del Instituto. Estas áreas de investigación son las siguientes:
- Calidad de Aguas (CALAGUA)
- Ciencia y Tecnología Forestal
- Evaluación Ambiental y Sostenibilidad de Ecosistemas (GEASE)
- Hidráulica e Hidrología
- Hidrogeología
- Ingeniería de Recursos Hídricos
- Modelación Hidrológica y Ambiental
- Modelos Hidroeconómicos (GIMHE)
- Química y Microbiología del agua
- Redes Hidráulicas y Sistemas a Presión (REDHISP)
- Teledetección terrestre y atmosférica (LARS)