El IIAMA está formado por diez Grupos de Investigación, donde cada uno de ellos es responsable de una de las áreas de investigación del Instituto. Estas áreas de investigación son las siguientes:
- Calidad de Aguas (CALAGUA)
- Ciencia y Tecnología Forestal (REFOREST)
- Evaluación Ambiental y Sostenibilidad de Ecosistemas (GEASE)
- Hidráulica e Hidrología (HH)
- Hidrogeología
- Ingeniería de Recursos Hídricos (GIRH)
- Modelación Hidrológica y Ambiental (GIMHA)
- Modelos Hidroeconómicos (GIMHE)
- Biodiversidad microbiana del ciclo del agua (BIOMICA)
- Redes Hidráulicas y Sistemas a Presión (REDHISP)
- Soluciones basadas en la Naturaleza (SbN)
- Teledetección terrestre y atmosférica (LARS)