El Instituto de Ingeniería del Agua y Medio Ambiente desarrolla sus líneas de investigación alrededor de temas relacionados con el agua y el medio ambiente, abarcando casi en su totalidad los relacionados con el ciclo hidrológico del agua. En muchas de estas líneas, y a través de las numerosas colaboraciones y proyectos de investigación, se están obteniendo importantes resultados que se están transfiriendo a empresas y organismos públicos.
En ellas, se desarrollan más de 50 líneas de investigación, las cuales versan sobre temas relacionados con los que se citan a continuación:
Calidad de Aguas | Ciencia y Tecnología Forestal | Evaluación Ambiental y Sostenibilidad de Ecosistemas (GEASE) | Hidráulica e Hidrología | Hidrogeología | Ingeniería de Recursos Hídricos | Modelación Hidrológica y Ambiental | Modelos Hidroeconómicos | Química y Microbiología del Agua | Redes Hidráulicas y Sistemas a Presión | Teledetección terrestre y atmosférica